煙草苗期病害主要有炭疽病、猝倒病、立枯病等。炭疽病在各煙區苗期發生最為普遍；猝倒病在我國南方煙區發生較重，北方煙區也有發生，由于目前集約化育苗方式的普及，該病危害呈現上升趨勢；立枯病在我國各煙區零星發生，個別管理不善的苗床發生較重；另外煙草花葉病在苗期發生也比較普遍，由于苗期一般不顯現癥狀，所以很難觀察到。其他零星發生危害的還有黑脛病、根黑腐病、白粉病、根結線蟲病、野火病等。苗期害蟲主要有地下害蟲（螻蛄、地老虎、金針蟲、蠐螬等）和蚜蟲等。雖然目前苗床土多采用藥劑熏蒸，地下害蟲危害不大。不過近年來蚜蟲、斑潛蠅遷飛到苗床的數量越來越多，造成較大危害，應當重視苗期這兩種害蟲的防治。

　　一、確保苗期衛生  不可用污水育苗。管理人員操作前要用肥皂水洗手。每次剪葉前一天要噴施防病毒劑，剪葉、剪根的工具要用肥皂水或病毒抑制劑消毒。管理人員嚴禁在操作中吸煙。及時清除苗床周圍作物植株殘體和雜草，減少病蟲害的滋生蔓延場所。

　　二、重視苗期管理  煙苗三葉期前少澆水，尤其在陰雨、低溫情況下更需控制苗床濕度，注意排水。濕度過大可撒干細土吸濕，加強苗床的通風排濕。膜下或棚內要保溫、防寒和防高溫。注意通風降溫，一般膜下或棚內溫度達到35℃并有繼續上升的趨勢時，煙苗易受傷害，應及時揭膜，控制溫度。可采用斷水、揭膜和掐葉等措施進行煉苗。移栽前7天，苗床不澆水，白天把塑料薄膜揭去，晚上蓋好，移栽前5天，不再蓋塑料薄膜。整個苗期掐葉或剪葉2～3次。

　　三、苗期蚜蟲及斑潛蠅的隔離  育苗棚的門窗和周圍通風口用40目尼龍網覆蓋，以隔蟲、防蟲，普通苗床可采用40目拱架防蟲網進行覆蓋。這樣不僅徹底防止了苗期蚜蟲及斑潛蠅的危害，而且大大降低了煙苗感染病毒的機率。

　　四、藥劑保護  要經常噴藥防治苗床周圍大棚和露地蔬菜上的蚜蟲，尤其是在通風排濕前，以減少進入苗床的蚜蟲數量，可用10％的吡蟲啉3000倍液或50％的抗蚜威粉劑3000倍液進行噴施防治。發現苗期炭疽病，可噴施50％的退菌特可濕性粉劑500倍液，每7～10天1次；立枯病可用70％的甲基托布津可濕性粉劑1000倍液進行噴施防治，每7～10天1次，連噴2～3次；猝倒病可用25％的甲霜靈或58％的雷多米爾錳鋅500倍液噴施2～3次；噴藥的同時要及時剔除病苗。對于黑脛病發生較重的地方或較感病品種，移栽前2天用25％的甲霜靈成58％的雷多米爾錳鋅500倍液澆灌1次。苗期還應重視噴施抗病毒劑預防病毒，苗期噴施1～2次，移栽前1天噴施1次，以防止病毒在移栽時通過接觸傳染。目前煙草生產上推廣應用的抗病毒劑種類較多，如金葉寶、菌克毒克、病毒必克、植物生理平衡劑、植病靈等，效果都較好，可根據當地實際情況選用。