一、育菇場地選擇不當 如選擇在陰暗、通風不暢或不衛生的場所種植，以致雜菌污染嚴重，香菇不能正常生長而失敗；有的雖勉強發菌，但因出菇期空氣流通不暢，二氧化碳含量過高而中毒受害，不能出菇或形成畸形菇。所以，種植香菇首先要選擇通風條件好， 并有散射光的場所進行，并保持清潔衛生，抓好消毒措施。初次種菇場所，應采取石灰水刷墻、生石灰撒于地面的措施進行消毒， 撒在地面的生石灰應于次日清掃出去；老菇場則可用高錳酸鉀加福爾馬林熏蒸消毒；有蟲害的菇場先噴殺蟲劑消滅害蟲，再進行消毒。

二、培養料選擇或配制不當 用已經污染、結塊的原料種植香菇，易造成大面積污染或不發菌。在調配培養料時，向料內過量加入尿素等氮肥，氮肥在接種后容易分解釋放出氨氣，使菌絲體受到毒害，不能正常發菌。因此，一定把好選料與配料關。要潔凈的原料，并搞好消毒處理，在配料時不可隨意添加化學肥料，只有在堆料發酵種植香菇時，才能適量添加尿素補充氮源。同時，在配料過程中，要特別注意培養料的濕度，水分含量不可過高或過低，否則對發菌都不利。

三、菌種選用不當 如冬季選用高溫型品種，春季選用低溫型品種，或播種已經老化或已被污染的菌種等，都易造成發菌緩慢或不發菌、出菇遲或不出菇。所以，在種植香菇時，應根據當時當地的氣候條件，選擇適宜的菌種，不使用老化或被污染的菌種。

四、管理不善 香菇在自然溫度條件下，出菇期的管理是光照、水分和通氣。在出菇期間，靠散射光即可滿足需要， 在菇房種菇光照不足，出菇緩慢，可用電燈光補充，以誘導出菇。空氣濕度是出菇期的重要條件，為了增加濕度而盲目增加噴水量，甚至直接向菇體噴水， 會使一些小菇悶死，一些已長大的菇也會因水漬而潰爛發黑。因此，在香菇出菇期間，應講究補水方法，以向空中噴霧為好，同時還應注意通風換氣， 以免二氧化碳積累過多，導致子實體不能形成，或形成畸形菇。此外， 不合理的采收也影響產量的提高，一些菇農采大留小，想讓小的菇體繼續生長， 結果不僅不能長大，還延長了出菇期，影響下茬菇的產量。