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所謂植物脫毒，是將植物莖尖生長尖端組織進行分離，將分離組織置于特定培養基中進行培養，從而獲得脫離原體病毒、病菌的新生種苗。具體到食用菌的脫毒繁種，嚴格說來，一般的組織分離并不能達到使菌種脫毒的目的，這是由于子實體已生長至中后期，攜帶病毒、病菌的概率相當高，故脫毒效果不明顯。而將食用菌尖端生長點進行脫毒，效果理想。
具體的脫毒方法有兩種：
1.菌絲尖端脫毒技術
使用規格為90毫米或110毫米的培養皿。無此規格培養皿時，也可改用規格為25毫米×200毫米的大型試管，但操作不太方便。 先按常規制備母種培養基，裝入三角瓶，棉塞封口，加皮紙包封；同時將培養皿洗凈后用牛皮紙包好。二者同時進行滅菌處理。121℃下滅菌30分鐘，待滅菌鍋內壓力為零時，取出滅菌物，放入事先消毒的接種箱。打開牛皮紙包封，一手持培養皿，一手持三角瓶，利用手指調控使培養皿上蓋開啟約1～2厘米，倒入培養基液體約10～20毫升，蓋嚴。將培養皿平置，冷卻后成一光滑平面，俗稱平板 。平板冷卻至30℃以下時，接入待脫毒菌種。接種方法：挑取米粒大小的一塊種源，接入平板邊緣。接種后置于規定溫度下培養〔視品種調控溫度）。當菌絲萌發至最長為2厘米時，用尖刃接種工具切取菌絲尖端1毫米左右，接入新制平板上。此為1次脫毒。一般可連續脫毒3～4次。脫毒次數越多，脫毒效果就越有保證。
2.原基組織脫毒技術
該技術最大程度革除了原有組織分離時子實體處于生長中后期，攜帶病毒、病菌可能性極大等弊端，真正實現了分離尖端組織的脫毒目的。具體操作為： 常規配制基料，調破氮比為30∶1。碳氮比不可小于25∶1，以免菌絲過度旺盛生長結成菌皮，不易現原基。大口罐頭瓶洗凈、備用。準備數塊又11厘米×11厘米的純棉紗布。裝料至瓶口下1厘米時，從瓶口處鋪上一層紗布，用平口螺絲刀將紗布邊緣插至瓶下，使之緊貼瓶劈。封口滅菌、接種、培養等操作按常規進行。待菌絲發滿瓶后，施行溫差、濕差、光照等刺激，一般約7天即可現出原基。此時原基的形態是白疙瘩 。待原基高至1厘米時，即可進行脫毒分離。 將菌瓶用75％酒精擦洗后，移入已消毒的接種箱，箱內不再進行常規熏蒸。同時準備接種針（或接種釣）、多個刀片（以備交替使用），與菌瓶一同放入接種箱中，噴灑新潔爾滅以確保無菌操作。兩手用75％酒精擦洗，伸入接種箱，將刀片進行灼燒滅菌后手持冷卻。打開菌瓶封口，兩手配合用無菌鑷子取出原基。由于料面覆蓋一層紗布，故不會將基料帶出，操作方便。用刀片將原基表層削去約1毫米，然后用尖刃刀片將原基劃切，使每塊大小1毫米2左右。用接種針將分離的原基塊移入平板或大型試管進行常規培養。操作要點：一是用刀片進行削、切時，每切一刀須更換一次刀片；二是分離塊接入時須靠邊緣投放，可接在平板的邊緣或試管的最前部，一般不居中接入。
