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土壤的有機質含量是衡量果園土壤肥力的一個重要指標，也是生產無公害果品的基本條件。土壤有機質含有的營養元素種類多，能夠均衡長久地供給果樹生長發育所必需的全部營養元素，防止缺素癥。土壤有機質缺乏是果樹產量低、品質差、抗逆性差的主要原因。增加果園土壤有機質主要有以下幾種方法。
一、落葉歸根
果樹落葉中含有大量的病蟲源，不能直接覆蓋在樹下，可將枯枝落葉清園，集中起來制成堆肥，經高溫堆腐殺菌后，再施用到果園中。
二、種植綠肥或生草
郁閉度較小的果園，可在果園內種植苜蓿、三葉草、大豆等綠肥或生草，適時割刈覆蓋。種植綠肥時，要留出足夠的樹盤，防止綠肥影響果樹生長發育。1年生的果樹，樹盤直徑應不小于1米；2年生以上的果樹，樹盤直徑應比樹冠再大出30厘米。對種植的綠肥要適量追肥，以促進生長，增加產量。
三、園內養畜禽
果園可養畜禽，進行合理的種養互補。現已推廣應用的有果園養雞、豬、鵝、兔、龜等。以養雞為例，雞糞是優質肥料，可提高果園的土壤肥力，減少肥料投資。由于雞群喜歡啄食小昆蟲，因而能捕食大量地面和果樹莖部的害蟲以及這些害蟲的蛹和卵，使果園害蟲大大減少，從而減少了用藥量，農藥殘留少。加之果園內食料來源豐富，雞群可捕食多種活的昆蟲，還可采食青草等，既節省了飼料，又起到果園除草的作用，還能增強雞群體質，減少疾病發生。這樣，果實和雞肉內農藥、化肥殘留的有害成分大大降低，因此二者的質量好、售價高。
四、果園覆草
果園內覆草，腐爛后翻入土中是增加土壤有機質最主要的方法。一般每畝施入干有機物2250公斤，果園0~30厘米土層內的有機質含量才能提高1%。覆草的種類有作物秸稈、雜草、枯枝落葉等。果園覆草的時間以冬春季為宜，即利用農閑時間將草搬到果園內覆蓋。覆草后，要在草上面撒些土，以防風刮和火災。為加速草的腐爛，可在草中撒少量尿素，一般每噸干草撒25公斤尿素。
五、巧用草木灰
草木灰是優質鉀肥和土壤疏松劑，可提高果樹抗旱性，使其枝葉青綠，增強光合作用，減少花果脫落，促使花、果著色鮮艷，提高果實品質。同時，還是果樹病蟲害的“克星”，能防止早期落葉，防治果樹根腐病。用草木灰防治果樹根腐病的方法是：松動果樹根旁土壤，并輕輕扒除根際土壤，露出根系，用小刀刮去根上病皮，晾根2~3小時，將新鮮草木灰撒在病根四周，再覆土埋根，經過這樣處理，根腐病即可根除，果樹吸收水、肥的正常功能得到恢復。
六、行間種植矮稈作物
可在幼齡果樹行間間作牡丹、白術、白芍、黨參、桔梗、柴胡、黃芩、半夏、麥冬和百合等中藥材，或夏季套種花生、大豆、綠豆、紅小豆，秋季和早春套種白菜、胡蘿卜、甘藍、大蒜和蘿卜等，這樣不但可以提高果園的經濟收入，還能加速土壤熟化，減少地面水、肥流失，促進果樹生長，實現用地與養地相結合，達到以短養長的目的。
七、施入免深耕土壤調理劑
長期以來，由于人們濫施化肥，特別是偏施某一類的化肥，使土壤結構遭到破壞，加上耕作復種指數提高、機械碾壓及人畜踐踏、不合理的耕作等，使土壤日趨板結，土壤的通透性變差，水、肥、氣、熱難以協調作用，果樹根系不發達，對肥料利用率降低，土傳病害嚴重，保水抗旱能力下降，果樹長勢不良，產量不高，導致果農投入高、回報少。免深耕土壤調理劑是一種能夠打破土壤板結、疏松土壤、提高土壤通透性、促進土壤微生物活性、增強土壤肥水滲透力的生物化學制劑。由于它可以疏松土壤深度達地表以下80~120厘米，可實現免深耕，免去了土地人工翻耕和機械翻耕的高成本，亦避免了傷害果樹根系，還可提高肥料利用率50%以上。凡施用了免深耕土壤調理劑的果園，土質疏松、透氣性好、肥水滲透力強，樹葉生長旺盛、根系特別發達，果樹產量大幅增加，效益提高。 
