長毛對蝦主要病害有紅腳病、螢光病，鏈壺菌病，鐮刀菌病、匹里蟲病及針桿藻病，其中危害較大有：紅腳病、真菌病和螢光病。

　　（1）紅腿病癥狀與防治：弧菌病，俗稱紅腿病，病蝦附肢呈紅色，尤其是游泳足及尾肢，有的病蝦頭胸部及腹部殼面呈淡黃色，鰓部呈黃色，有的還具有黃色或黑色斑點，有的病蝦胃微紅，觸須斷掉，肌肉白濁不透明。

　　防治方法：在高溫發病季節，可用1—3ppm漂白粉進行水體消毒殺菌，以減少水體中的病原菌。內服抗菌素，磺胺類及呋喃類藥物進行蝦體內殺菌，有較好的治療效果。

　　（2）真蓖病癥狀與防治：幼體被真蓖寄生之后，身體變得不透明，呈灰白色，運動能力下降，趨光性減弱，攝食減少或不攝食。鏡檢可見到幼體的頭部，腹部附肢及眼睛等具有少量的初生菌絲或充滿菌絲體。成蝦患有真菌病會引起鰓部變黑，爛鰓，眼睛凹陷等。
　　防治方法：長毛對蝦患有真菌病，可使用10—20ppb亞甲基進行防治，具有良好的效果。

　　（3）營光病癥狀與防治：螢光病是由一種假單孢桿菌引起。對蝦幼體患有螢光病，攝食，趨光能力減弱，身體發白，尤其是頭胸部呈乳白色，頻臨死亡的幼體在夜間會發生螢光，幼體死亡后發螢光的光度更強，成蝦發病，主要在鰓部，頭胸部及腹部，嚴重時對蝦全身會發出螢光。

　　防治方法：預防螢光病的發生與蔓延，應加強水質控制，使水質保持良好。適當控制幼體的密度；掌握好投餌量；并不定期使用抗菌素和呋喃類藥物進行防治。