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一、掛簍（袋）法：在食場周圍懸掛盛藥的袋或簍，形成一消毒區。當水產動物來攝食時達到消滅體外病原體的目的。此法具有用藥量少、方便簡單、沒有危害及副作用小等優點，一般須持續掛藥3天左右。此法主要用于網箱養殖區域或大水面養殖。
二、藥浴法：將水產動物集中在較小容器、較高濃度藥液中進行短期強迫藥浴，以殺滅體外病原體。此法具有用藥少、方便簡單、副作用小的優點。一般用于轉池及運輸前后消毒魚體。網箱養魚，也常采用此法。
三、遍灑法：全池遍灑藥液，使池水達到一定濃度，殺滅體外及池水中的病原體。此法在外用藥中殺滅病原體較徹底，預防、治療均可用。但此法用藥量較前兩種方法要大，計算池水體積比較麻煩，藥物的安全范圍較小時，使用不慎，容易發生事故，副作用也較大。
四、浸漚法：將草藥浸漚在池塘的上風處或將捆扎好的中草藥分成數堆，殺滅池水中及體外的病原體。此法適用于預防及早期治療。
五、涂抹法：在體表患病處涂抹較濃的藥液或藥膏以殺滅病原體。此法適用于產卵后受傷的親本及名貴品種。此法用藥量少、方便、安全、副作用小。涂抹時頭部一定要向上，以防藥液流入魚鰓、產生危害。
六、口服法：將藥物或疫苗與水產動物喜食的飼料混合，拌以粘合劑，制成適口的顆粒藥餌投喂，殺滅體內的病原體或增強抗病力。此法適用于預防及治療，但當病情嚴重，病體已停止攝食或很少攝食時則無效。
七、注射法：常用的注射法有腹腔注射和肌注射。注射法較口服法進入體內的藥量準確，且吸收快、療效好、用藥量少，但太麻煩。所以一般只在親體及人工注射疫苗時采用；名貴品種有時也采用此法。
