漁用飼料的保存對于保持其營養成分至關重要，如果保存不當，容易造成漁用飼料變質，營養損失或產生有毒物質。

    隨著保存時間的增加，漁用飼料中的單糖、二糖逐漸被消耗。蛋白質總量變化不大，但游離氨基酸量增加，酸價提高。大麥、燕麥、玉米、大米、小麥等的蛋白質都能被酶水解。因此，保存時間過長，就可能降低蛋白質對胃蛋白酶、胰蛋白酶的敏感性，降低蛋白質的生物學價值。

    漁用飼料的保存，其含水量不能超過13%,以10%以下為好。保存漁用飼料的倉庫、場地宜干燥，避光。有條件的地方，漁用飼料最好用塑料袋密封保存。避免鼠類、昆蟲等有害動物消耗和損壞飼料。

    維生素在保存期的損失與水分含量有密切的關系。小麥含水量在17%時，五個月內維生素B損失30%;而含水量在12%時，同期內僅損失12%.同時，溫度的影響比水分還要大，保存溫度為7℃時，胡蘿卜素損失一半，25℃時損失3/4;長期保存，加之溫度高，水分含量多，胡蘿卜素將被完全損失。有許多維生素，在保存時極易損失，損失最大的是維生素A,其次是維生素C,維生素B最為穩定。

    漁用飼料的保存方法有缺氧保存、干燥保存、通風保存、低溫保存和化學保存。

    在高溫條件下，加上漁用飼料含水量偏高，就極易發生霉變，產生對水生動物有毒的物質（霉菌毒素或黃曲霉毒素）,故發霉的漁用飼料不得利用。為了防止漁用飼料發霉，可向漁用飼料中添加化學制劑。其主要化學制劑有下列幾種：

    1、防霉劑

    在漁用飼料中加入化學藥品抑制和殺死微生物來達到安全保存的目的，其常用的品種有：丙酸鈉，每噸漁用飼料添加1千克；丙酸鈣，每噸漁用飼料添加2千克；脫氫醋酸鈉，每噸漁用飼料添加200-500克。

    此外，在生產中常常改變漁用飼料的酸堿度，使微生物處于劣境，達到抑制和殺菌的目的。如在處理秸稈漁用飼料時加入一定量的生石灰，使其處于堿性環境，可以抑制和殺死部分微生物。又如在新鮮的陸生植物保存中，利用乳酸菌產生乳酸，使其pH降到3.8-4.2,抑制腐敗菌的生長，達到保存的目的。當然，還可以加入一些其他防腐劑，如甲醛、亞硫酸、有機酸（甲酸等）、硫酸、鹽酸等。在每噸新鮮的陸生植物中加入2.3千克甲酸，使pH下降到4.2-4.6,有利于保存。

    2、抗氧化劑

    在漁用飼料中含有較多脂肪。脂肪容易自動氧化分解，一方面產生異味變質，另一方面破壞了溶解于脂肪中脂溶性維生素A、D、E、K等，從而降低漁用飼料的營養價值。為了防止氧化，常添加一些抗氧化劑。合成抗氧劑有：乙氧基喹啉、丁基化羥基甲苯、丁基化羥基甲氧基苯、五倍子酸脂、抗壞血酸等。添加量在一般漁用飼料中為0.01%-0.05%,一般可防止脂肪及脂溶性養分的氧化變質。

    如果條件可能的話，對于漁用飼料的使用，最好是當時加工當時用，這樣，有利于飼料新鮮，營養不致于失散（損失）,對發揮漁用飼料的效率有一定的作用。雖然可采用防霉劑、抗氧化劑等化學藥品來防止漁用飼料的霉變，但這并非上上之策，有時加入上述這些化學藥品，有可能會產生一些副作用。