在沿海不少地區，民間都有加工咸鲞魚的傳統。在不同地區，加工咸鲞魚的方法有所不同，比較有代表性的咸鲞魚品種包括福建酶香鲞、山東咸干鲞、浙江三抱鲞。
現介紹福建酶香鲞的加工方法，其工藝要點如下——
1.選擇新鮮、無病害的鰳魚為福建酶香鲞的加工原料。用雙核臭氧水清洗魚體，洗掉泥巴和草等雜物。
2.將鰳魚的鰓蓋掰開，用小竹棒或小木棒從魚的鰓蓋捅入魚的腹腔，沿著小竹棒，往鰳魚體內投入食鹽。小竹棒不要捅破魚的腹部的肉，以免影響魚肉的發酵和成品的質量。
灌好食鹽之后，將魚體放入池子或桶中，以便進行下一步的腌制、發酵。
3.先在池子底部撒一層食鹽，接著將已灌好食鹽的魚的背部朝上，平斜排入池中。在排疊時，魚的頭尾要間壓，排列應十分緊密，以免成品的鱗片松馳。
各層魚體之間應均勻撒一層隔體食鹽，食鹽用量從下而上逐漸增加。在最上面一層魚的表面撒一層食鹽，用途是封頂、預防鰳魚的表面腐敗變質。
在制作咸鲞魚時，食鹽的用量一般為鰳魚重量的30－38％。不過，根據季節和魚體大小的不同，用鹽量也有所不同：1.氣溫高時，用鹽量就多一些；氣溫低時，用鹽量就少一些。2.魚的體積較大時，用鹽量就多些；當魚的體積較小時，用鹽量就少一些。3.只有根據具體情況，投加適量的食鹽，才能制得質量良好的咸鲞魚。如食鹽用量過多，將抑制魚體的發酵，產品將不能獲得良好的風味；如食鹽用量過少，咸鲞魚產品則將容易腐敗變質。
鰳魚放入池中腌制，在24小時內的變化不大。24小時之后，由于發酵分解的作用，鰳魚魚體逐漸膨脹，經過２－３天，魚體開始產生特有的酶香味。
4.魚體放出酶香味后，表明肌肉已經發酵，此后不會再松軟，此時可在魚體上面施加壓力，可用放石頭的方法來加壓。但壓石不可太重，否則會導致魚體互相粘著。壓石重量的評判標準：魚體被鹵湯浸沒為宜，石重一般為魚重的8－10％。壓石時間根據發酵程度及氣溫情況靈活確定，一般在兩天后，魚體中的鹽分即可滲透均勻，咸鲞魚即已腌好。
5.將腌好的咸鲞魚從池子中撈出來，放入干凈的竹筐或者塑料框中，逐層碼放，每兩層之間要放一定量的食鹽，以防止魚肉腐敗。
當咸鲞魚瀝干鹽水后，將其裝入干凈的復合食品包裝袋中，立即封口。
6.按照相關食品安全標準，對咸鲞魚進行檢驗，檢驗合格者即為成品、入庫保存，可對外銷售。

咸鲞魚的貯存方法很重要。為了防止咸鲞魚發生干化和氧化變質的問題，在儲存過程中，可將整條咸鲞魚或切成段的咸鲞魚涂上白酒，放在壇內密封，以后隨吃隨取，但剩下的魚仍要繼續密封。咸鲞魚的食用方法有多種，如鲞魚蒸蛋、鲞魚肉餅、蝦籽鲞魚、清蒸鲞魚等。