水稻爛芽的種類很多，常見的有芽腐、蹺腳、黑根、焦頭等。
            （1）芽腐。最初于谷殼表面以芽口為中心產生白色絮狀物，進而發展為圓盤狀銹褐色或污綠色的；欠塊。芽尖退色，呈曲狀枯死，谷粒變色，胚乳呈灰白色漿液，有臭味。芽腐的原因；在持續低溫陰雨下，芽谷生命力下降，遲遲不扎根，特別是在深灌嚴重缺氧條件下，易招致綿腐菌、腐霉菌等多種病原真菌乘虛而入。防止芽腐，首先要加強管理，芽期切忌灌水，保持畦面濕潤。發病時應排水晾田，并撒陳草木灰或在晾干的畦面，于傍晚噴施1:200倍敵克松和0.1%硫酸銅混合藥液，每畝100公斤，單噴硫酸銅液也有一定效果。
            （2）蹺腳。根芽橫臥畦面，根不入泥。芽鞘異長，“頭重腳輕”，蹺腳的原因：秧板硬，或未塌谷，根不入泥；或秧板過爛，根抓不住泥。特別是在長期因低溫而灌深水缺氧的情況下，蹺腳更為嚴重。在畦面不平，洼糖積水處也易發生蹺腳。蹺腳芽谷生活力弱，不易立苗，也最易感病。防止蹺腳應提倡濕潤育秧，秧板要力求平整，播種時秧板軟硬適度，并塌谷蓋灰。已發生蹺腳的應立即排水晾田，通氣增溫，以利扎根立苗。
            （3）黑根。在幼苗無葉綠素部分先發黑，后延及綠色部分。種根先呈灰白色或灰黑色，然后變黑，黑根有臭蛋味。芽尖枯黃變脆。黑根的原因：秧田施用未腐熟的有機肥或過多的綠肥，在低溫缺氧等條件下產生有毒物質，在秧田形成“油鏡”、“銹水”使芽苗中毒。防止黑根應提倡基施腐熟有機肥，秧田施綠肥不能過多，一旦發生黑根應抓緊排水晾田，氧化有毒物質。
            （4）焦頭。焦頭主要是由于灌排水不當引起的。特別在連陰雨后暴晴，又突然排水，使芽葉灼傷而致。突發性大風或降溫也會引起焦頭。因此要合理灌排，連陰后暴晴，應徐徐排水，以防灼傷。大風降溫前應灌薄水護芽。
            （5）其他爛芽。播種過早，出苗后受低溫寒潮直接傷害（5-7℃以下的連續低溫6-8天或霜凍），則會引起枯芽。播前秧田施碳銨離播種時間過近，或氮素化肥施得多過，局部地段深度過大等，會引起氨中毒。低等藻類在秧田結膜或鰓蚯蚓等生物危害引起鉤頭等，都會導致爛芽。