流水養魚的魚病防治與池塘養魚和其他方式的養魚基本相同。

    在流水條件下，一般水質清新，如果飼養、管理較好，魚病相對較少；反之，由于魚的密度大、投餌多，如果飼養管理不善，仍常有魚病發生，特別是多個魚池串聯流水養魚和循環過濾式流水養魚，一旦發病易于傳播，應特別做好魚病預防，以防患于未然。

    防病的方法，除選擇體質健壯的魚種和注意操作避免魚體受傷外，應定期對魚池和相關設施消毒，尤其是在魚種還未入池前，應用高錳酸鉀濃溶液進行徹底消毒；草魚種入池前注射免疫疫苗或魚種藥液浸浴，定期投喂藥餌，預防細菌性和病毒性魚病。

    此外，一個經常性的和具有一定難度的預防措施，是要科學地飼養與管理，尤其是要利用良好的流水水質條件，注重流水池內的水域環境改良，即排污是否經常、徹底。在循環用水流水條件下，各排污過濾、凈化、消毒、充氧等設施運轉是否正常，功能是否保持；由于循環過濾式流水養魚，經過長期運轉后各設施功能都不同程度下降，加上換新水不及時，或有一定難度，環境惡化往往會引發魚病造成較大損失。所以必要的測試手段和定期清洗或更換有關設施不可或缺。

    當魚一旦發病，可參照魚病防治方法，根據流水條件可短期停水或緩流進行正確診斷，對癥選藥，精確計算，妥善施藥，堅持治療，以求獲得良好效果。對于循環過濾式流水養魚，除以上措施外，還應加上水環境改良，可利用“微生物制劑”消除不利因素(氨態氮、亞硝酸鹽等)的影響。