采樣容器根據檢驗項目，選用硼硅玻璃瓶或聚乙（丙）烯塑料瓶，必須能夠用塞或蓋緊緊密封。玻璃瓶要容易洗滌；聚乙烯瓶塑料瓶不易破碎和凍壞，便于運送；所有盛樣容器必須有和樣品一致的標記。盛樣品的容器應消毒處理，但不得用消毒劑處理容器。微生物樣本容器要求耐高壓。

1.選擇容器原則：

1.1 容器不能是新的污染源；

1.2 容器壁不應吸收或吸附某些待測組分；

1.3 容器不應與待測組分發生反應。

2.容器的清洗：

新的采樣瓶，應經硝酸浸泡；測有機氯農藥的玻璃瓶，則應經鉻酸清潔液浸泡，以破壞原來沾污的有機氯。在用酸浸泡之前，先用常水刷洗，盡可能預先除去原來沾污的物質。用鉻酸清潔液浸泡后必須用自來水沖洗7-10次，再用純水淋洗，盛放過高濃度某種組分的樣品瓶最好棄之不用。

3.用于微生物檢驗樣品的容器：

3.1 采用熱力滅菌是最可靠而普遍應用的滅菌方法。熱力滅菌分干熱和高壓蒸氣滅菌兩類。聚丙烯瓶只能用高壓蒸氣滅菌，玻璃瓶可用兩種滅菌方法。干熱滅菌之后，玻璃容器是干燥的，便于保存和應用，高壓蒸氣滅菌之后，應自滅菌器中取出放在烤箱內烤干，干熱滅菌所需溫度較高，時間較長。高壓蒸氣滅菌法要求121℃、15min 即可殺死芽胞。干熱滅菌法殺死芽胞需160℃-180℃，維持2h。

3.2 容器及瓶塞、瓶蓋應能經受滅菌的溫度，并且在這個溫度下不釋放或產生任何能抑制生物活動或導致死亡或促進生長的化學物質。玻璃或聚乙（丙）烯塑料容器用自來水和洗滌劑洗滌，然后用自來水徹底沖洗。用硝酸溶液（1+1）浸泡，再用自來水、蒸餾水洗凈。

3.3采樣用具、容器滅菌方法：

3.3.1 玻璃吸管、長柄勺、長柄匙，要單個用紙包好或用布袋包好，經干烤滅菌后使用。

3.3.2盛裝樣本的容器需根據材質不同選擇高壓蒸汽或干烤滅菌消毒，裝載樣本的容器可選擇玻璃的或塑料的，可以是瓶式、試管式或袋式。容器必須完整無損，密封不漏出液體。

3.3.3 采樣用棉拭子、規格板、生理鹽水、濾紙等，均要分別用紙包好，經干烤或高壓滅菌消毒備用。一次性采樣拭子和紙片注意在保質期內使用。

3.3.4鑷子、剪子、小刀等用具，用前在酒精燈上灼燒消毒。

3.3.5消毒好的用具和運送培養基等要專人妥善保管，定期更換并防止污染。