腸道不僅是人體消化吸收的重要場所，同時也是最大的免疫器官，在維持正常免疫防御功能中發揮著極其重要的作用。人體腸道為微生物提供了良好的棲息環境，成人腸道內的微生物數量高達10^14個；質量達到1.2kg，接近人體肝臟的質量；其包含的基因數目約是人體自身的150倍， [1] 具有人體自身不具備的代謝功能。

作為人體最龐大、最復雜的微生態系統，腸道微生物本身及其代謝產物不僅能調節人體健康，更在膳食和宿主之間起到了重要的橋梁作用。正如諾貝爾獎獲得者Joshua Lederberg曾指出的，人體與人體共生微生物構成了超級生物體(superorganism)。

幾乎我們吃的所有食物都對我們的腸道微生物有影響，因此我們需要了解這個事情。從一系列研究中我們知道大量處于穩態的微生物種群與人體健康相關，如改善血糖耐受、更好的免疫功能或者更好控制體重等。另一方面，如果腸道微生物失調，就會導致克羅恩氏病、梭狀芽孢桿菌結腸炎、甚至自身免疫疾病。

增加飲食纖維、吃大量蔬菜和水果對我們的腸道微生物有正面影響。盡管有人認為益生菌可能有巨大影響，但是研究發現益生菌影響甚微，對健康的影響還不確定。

飲食模式的變化也會帶來巨大影響。只吃素食的志愿者和只吃肉食的志愿者的腸道微生物有顯著差別。一個長期的素食主義者吃肉會產生最劇烈的變化。

我們的微生物確實具有一定耐受能力，志愿者的腸道微生物在一定時間后恢復到基線水平。同時，飲食變化越小，帶來的影響就越小。在一項研究中，志愿者要么吃加工過的白面包，要么吃全麥面包。盡管吃全麥面包的志愿者的細菌變化具有一定健康效應，但是兩個組的微生物都沒有顯著改變。

除了指出我們需要大變飲食模式之外，這些研究發現并沒有單一的魔性事食物在。

但是一組食物已經使研究人員產生了大量的研究興趣，那就是像酸菜、泡菜和康普茶這樣的發酵食物。研究發現這些食物給腸道微生物帶來的的影響超過任何益生元。人類已經食用發酵食物數千年了，這也表明我們的祖先和我們一樣想增強他們的腸道微生物。