RT-PCR就是逆轉錄PCR(reverse transcription PCR)或者稱反轉錄PCR(reverse transcription-PCR, RT-PCR),是聚合酶鏈式反應(PCR)的一種廣泛應用的變形。在RT-PCR中,一條 RNA 鏈被逆轉錄成為互補DNA,再以此為模板通過PCR進行DNA擴增。逆轉錄(reverse transcription)是以RNA為模板合成DNA的過程,即RNA指導下的DNA合成,逆轉錄實驗包括3大要素,分別是引物、逆轉錄酶和RNA模板:
1. 引物:逆轉錄引物主要有3種,包括 Oligo(dT)、Random Primers和基因特異性引物(GSP)。其中Oligo(dT)具有12-20個T堿基,并且與真核生物mRNA的3’Poly A尾配對,可合成全長的cDNA,但僅擴增有polyA尾的mRNA ,對模板質量要求高,較適合克隆實驗。而Random Primers具有6-9個堿基,可隨機識別模板并結合,適合復雜結構和微量模板,但特異性低,小片段多,適合后續qPCR實驗。基因特異性引物可以識別特定模板序列,具有特異性強,靈敏度高的特點,但需合成特定的序列。所以根據不同實驗需求可進行相應引物的選擇。
2. 逆轉錄酶:一種是來自純化的禽成髓細胞瘤病毒(AMV),由兩條肽鏈組成,具有聚合酶活性和很強的RNaseH活性,它最適溫度是42℃,最適pH8.3,在高反應溫度時可消除 mRNA的二級結構對逆轉錄的阻礙,然而高水平的RNaseH的活性既抑制cDNA產生也限制其長度。另一種來源于鼠白血病病毒(M-MLV),是單肽鏈的,有RNA聚合酶活性和相對較弱的 RNaseH活性,最適溫度37℃,最適pH7.6,較弱的RNaseH活性對獲得2-3kb的mRNA的全長cDNA有很大好處。
3.RNA模板:通常利用紫外分光光度計檢測純度,要求A260/280=1.9~2.1,A260/230=2.0~2.2。利用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整度,完整的總RNA在進行瓊脂糖凝膠電泳時會產生清晰的28S和18S rRNA條帶(真核樣品),28S rRNA條帶的強度應當大致為18S rRNA條帶的兩倍,并且無gDNA和蛋白殘留。
1. 引物:逆轉錄引物主要有3種,包括 Oligo(dT)、Random Primers和基因特異性引物(GSP)。其中Oligo(dT)具有12-20個T堿基,并且與真核生物mRNA的3’Poly A尾配對,可合成全長的cDNA,但僅擴增有polyA尾的mRNA ,對模板質量要求高,較適合克隆實驗。而Random Primers具有6-9個堿基,可隨機識別模板并結合,適合復雜結構和微量模板,但特異性低,小片段多,適合后續qPCR實驗。基因特異性引物可以識別特定模板序列,具有特異性強,靈敏度高的特點,但需合成特定的序列。所以根據不同實驗需求可進行相應引物的選擇。
2. 逆轉錄酶:一種是來自純化的禽成髓細胞瘤病毒(AMV),由兩條肽鏈組成,具有聚合酶活性和很強的RNaseH活性,它最適溫度是42℃,最適pH8.3,在高反應溫度時可消除 mRNA的二級結構對逆轉錄的阻礙,然而高水平的RNaseH的活性既抑制cDNA產生也限制其長度。另一種來源于鼠白血病病毒(M-MLV),是單肽鏈的,有RNA聚合酶活性和相對較弱的 RNaseH活性,最適溫度37℃,最適pH7.6,較弱的RNaseH活性對獲得2-3kb的mRNA的全長cDNA有很大好處。
3.RNA模板:通常利用紫外分光光度計檢測純度,要求A260/280=1.9~2.1,A260/230=2.0~2.2。利用瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA的完整度,完整的總RNA在進行瓊脂糖凝膠電泳時會產生清晰的28S和18S rRNA條帶(真核樣品),28S rRNA條帶的強度應當大致為18S rRNA條帶的兩倍,并且無gDNA和蛋白殘留。