近年來隨著生物技術的不斷發展,出現了許多克隆新基因的方法和手段,如圖譜克隆技術、轉座子標簽技術、mRNA差異顯示技術二基因組減法技術以及cDNA文庫篩選技術等。但上述方法人多具有實驗周期長、技術步驟煩瑣且工作量大等特點。cDNA末端快速擴增技術(rapid amplification of cDNA ends,RACE)是一種基于PCR從低豐度的轉錄本中快速擴增cDNA的5'和3'末端的有效方法,以其簡單、快速、廉價等優勢而受到越來越多的重視。
經典的RACE技術是由Frohman等(1988)發明的一項技術,主要通過RT-PCR技術由已知部分cDNA序列來得到完整的cDNA5'和3'端,包括單邊PCR和錨定PCR。該技術提出以來經過不斷發展和完善,克服了早期技術步驟多、時間長、特異性差的缺點(Frohman等,1995:Schaefer,l995: Chen,1998: Bespalova等,1998: Matz等11999)。對傳統RACE技術的改進主要是引物設計及RT-PCR技術的改進:改進之一是利用鎖定引物((lock docking primer)合成第一鏈cDNA,即在oligo(dT)引物的3' 端引入兩個簡并的核苷酸【5'-Oligo(dT)16-30MN-3',M=A/G/C;N=A/G/C/T】,使引物定位在poly(A)尾的起始點,從而消除了在合成第一條cDNA鏈時oligo(dT)與poly(A)尾的任何部位的結合所帶來的影響;改進之二是在5' 端加尾時,采用poly(C),而不是poly(A);改進之三是采用RNase H-莫洛尼氏鼠白血。病毒(MMLV)反轉錄酶或選擇嗜熱DNA聚合酶可能在高溫(60℃ -70℃)有效地逆轉錄mRNA,從而消除了5'端由于高CC含量導致的mRNA 二級結構對逆轉錄的影響;改進之四是采用熱啟動PCR (hot start PCR)技術和降落PCR(touch down PCR)提高PCR反應的特異性。
隨著RACE技術日益完善,目前己有商業化RACE技術產品推出,如CLONTECH的MarathoTM技術和SMARTTM RACE技術。邢桂春等(2001)先后使用上述兩種試劑盒進行RACE反應,結果發現使用MarathonTM所得到的片斷總是比采用SMARTTM RACE試劑盒到所得到的片斷短。其原因在于MarathonTM技術反轉錄反應往往不能真正達到mRNA的5' 末端。所以認為,進行RACE反應應當優選SMARTTM RACE試劑盒。以下就國內目前應用最廣的SMARTTM RACE試劑盒為例,簡要概述RACE技術的原理和操作過程。
SMARTTM 3'-RACE的原理
利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結合位點,以連有SMART寡核營酸序列通用接頭引物的Oligo(dT)30MN作為鎖定引物反轉錄合成標準第一鏈cDNA.然后用一個基因特異引物GSP1(gene specific primer,GSP)作為上游引物,用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為下游引物,以cDNA第一鏈為模板,進行PCR循環,把目的基因3' 末端的DNA片段擴增出來。(見Figure 1)
SMARTTM 5'-RACE的原理
先利用mRNA的3'末端的poly(A)尾巴作為一個引物結合位點,以Oligo(dT)30MN作為鎖定引物在反轉錄酶MMLV作用下,反轉錄合成標準第一鏈cDNA.利用該反轉錄酶具有的末端轉移酶活性,在反轉錄達到第一鏈的5'末端時自動加上3-5個(dC)殘基,退火后(dC)殘基與含有SMART寡核苷酸序列Oliogo(dG)通用接頭引物配對后,轉換為以SMART序列為模板繼續延伸而連上通用接頭(見Figure 2 )。然后用一個含有部分接頭序列的通用引物UPM(universal primer,UPM)作為上游引物,用一個基因特異引物2(GSP 2 genespecific primer,GSP)作為下游引物,以SMART第一鏈cDNA為模板,進行PCR循環,把目的基因5'末端的cDNA片段擴增出來。最終,從2個有相互重疊序列的3'/ 5'-RACE產物中獲得全長cDNA,或者通過分析RACE產物的3'和5'端序列,合成相應引物擴增出全長cDNA。
實驗中發現,做RACE反應實驗實際操作中仍存在不少困難。因此,對RACE反應條件進行反復摸索是十分必要的。這是因為:
第一,在5'-RACE包含了有3個連續的酶反應步驟(反轉錄、同聚物加尾和PCR擴增),每一步都可能導致失敗;
第二,擴增DNA末端的特異性完全依賴錨定引物及擴增DNA模板樣品的不均一性,因而特異性一般很低,常呈現不清晰的成片條帶或截短的產物背景。因此,使用RACE技術擴增得到的特異末端片段,所獲得的重組克隆最好能夠全部測序,以排除RACE實驗結果中擴增產物假陽性和假陰性,最終有可能獲得新基因的全序列。
隨著RACE的不斷改進和完善,優化條件下PCR擴增效率和忠實性的提高及PCR產物克隆技術的迅速發展,RACE必將在基因克隆及基因表達研究中發揮越來越大的作用。
RACE的另一種代表方法-Self-Ligation法
1. 反轉錄(RT)反應。
2. Hybrid RNA的分解。
3. 單鏈cDNA的自身連接。
4. PCR擴增5'未知區域。
5. 目的DNA片段的切膠回收。
6. DNA序列測定。
原理見Figure 3。
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