15種蛋白質單晶培養的方法:
(1)大量養晶法(bulk crystallization):若急著養出單晶,則將純化之蛋白質溶液加入固體鹽類或飽和鹽液,直到溶液中出現乳白混濁色,離心后把上清液(suppernatant)放置數天至數周,有可能養出單晶。
(2)批次養晶法(batch method):若發現加入蛋白質的沉淀劑和鹽類等化學藥品,在濃度C1產生沉淀,濃度Cn為液體,則在C1至Cn之間細分成一串濃度C1>C2>C3>….>Ci>Cn,(n-2)個小試管進行養晶,可能結出單晶。此法之主要缺點在于蛋白質的消耗量大。
(3)大量透析法(bulk dialysis):把蛋白質溶液包在半透膜(membrane)內,浸入盛有化學藥品的器皿中,半透膜能讓小分子進出,卻不會讓蛋白質等大分子通過,則器皿中沉淀劑、鹽類和有機溶液等化學藥品會穿過半透膜,與蛋白質起作用,直到膜之內外的濃度梯度(concentration gradient)降到零為止。此法的好處在于,器皿中化學藥品之濃度可作連續之調整,pH值的范圍也可探討。壞處是膜之內外濃度差異減少時,平衡速率也隨之降低。
(4)微量透析法(microdialysis):把半透膜的體積縮小,綁在比鈕扣略大的襯架上,架體之凹槽內注入蛋白質溶液,包覆半透膜的體架放入盛有化學藥品的器皿,其養晶原理與大量透析法相同,只是使用蛋白質和化學藥品的量放得少。注意凹槽內不得留有氣泡,否則膜外的化學藥品為氣泡所阻止而無法透過氣泡,滲入膜內的蛋白質溶液。
(5)連續萃取(sequential extraction):此法所根據的原理是亞可比(Jacoby)的實驗,他發現蛋白質在硫酸銨溶液中溶解度隨溫度的提升而下降。在4℃以下取得上清液(supernatant),放在室溫長晶。先將蛋白質溶液加入固體硫酸銨或飽和硫酸銨液體,使蛋白質溶液沉淀,離心除去上清液。接著保持4℃以下處理一系列的蛋白質沉淀物。準備數種依次遞降濃度的沉淀劑(通常為蒸餾水),濃度高的沉淀劑先加入上述蛋白質沉淀物中,以玻棒攪拌并離心,取出上清液,放在室溫養晶,再把濃度次高的沉淀劑加入上次未完全溶解的蛋白質沉淀物,攪拌離心,把上清液置于室溫養晶,依次類推,直到蛋白質全部溶解為止。這樣每次取出的蛋白質濃度依次遞減,溶液由低溫移至高溫,符合亞可比的準則,可能養出蛋白質單晶。
(6)自由接口間的擴散法(free interface diffusion):若蛋白質在不同的溶劑中具有不同的溶解度,則蛋白質注入盛有沉淀劑試管的上方或下方(依密度而定,密度大者放在下方),在兩種溶液的交界面擴散會有晶核長出,裝置如圖7-10所示。
(7)凹盤或玻片上的蒸汽擴散法(vapor diffusion on plates or slides)—座滴法:蛋白質養晶的要領在于蛋白質達成過飽和溶液,同時添加的化學藥物與蛋白質起作用,協助晶核的形成。摻有化學藥品的蛋白質溶液,其水分慢慢擴散,達到過飽和溶液則有可能長出單晶。若蛋白質溶液暴露在空氣中,水分蒸發掉,則蛋白質干涸,無法形成單晶,原因是蛋白質單晶約略維持液態的結構,含有大量水分,水分與蛋白質間形成許多氫鍵,水分蒸發,蛋白質也無以為系,因此必須保持水分,使蛋白質溶液密閉在一個容器中。同時還得調節水分,所以必須置放兩種溶液,使蛋白質溶液中的水分擴散到另一種高濃度的溶液中,以達蛋白質溶液的過飽和。通常選擇適當的鹽類和有機溶劑,調在等電點的pH值,形成沉淀劑,把粉晶蛋白質泡成一定濃度,約在5~40mg/ml之間,在凹盤的下凹孔鍍硅,注入一些蛋白質溶液和沉淀劑總共10~40 m l。在凹盤外方的塑料盒,倒入20~30ml的沉淀劑。在塑料的四周涂真空油膏(Vacuum grease),加以密封。通常這樣的塑料盒對于每種養晶條件制備兩盒,一盒放在4℃的低溫,另盒放在室溫,待其長晶,快則一周,慢則數月,幸運的話,可望長出單晶。通常一次制備數拾條件,大量養晶。要鑒定長出的單晶確實是蛋白質而不是滴入的沉淀劑等化學藥品。若養出蛋白質單晶太小,不足以供X光繞射實驗使用,則可使用連續播種法把小晶粒養大:依照養出蛋白質小單晶的條件,炮制母液(蛋白質溶液配合沉淀劑),注入凹孔,外圍倒注沉淀劑,加以密封,等待約半天后,打開封蓋,把以前所養的小晶粒稍加清洗后放入,企圖長大,若長出的晶體仍然不符X光使用,則把最后一次的晶體當新晶種,再繼續播種,直到晶體夠大。此種養晶法的好處是:用量少,篩選多種條件相當理想;易于修飾塑料盒內沉淀劑的濃度。此種養晶法裝置,也可用具有凹槽的玻片來取代,在其一凹孔注入10m l的母液,另一凹孔注入20~40m l的沉淀劑,以小玻片密封,等待長晶。
(8)懸滴液蒸汽擴散法(vapor diffusion in hanging drops)—懸滴法: 它在原理上和座滴法相同,皆以蒸汽達到平衡,利用少量蛋白質篩選多種養晶條件。此法用量比座滴液更少。在方形或圓形的玻片上鍍硅,滴入少于10m l的蛋白質母液,在培養皿的每一凹槽中注入1 ml的沉淀劑,把方形玻片翻轉,蓋在凹槽孔緣,加以密封,形成懸滴液,進行擴散,蛋白質溶液達到過飽和,長出單晶。
(9)液體橋連法(liquid bridge)如圖7-12(b)所示,一小滴母液和一滴沉淀液分別滴在玻璃片的兩靠近處,以細針引導細橋相接,把此載有液滴的玻片放在密封容器中,在細橋相連處可望長出單晶。(10)濃度透析法(concentration dialysis):,離子強度弱,則蛋白質溶解度低,易形成晶核,長出單晶,可利用氮氣在裝有蛋白質和鹽類的透析袋內施壓,使鹽類穿透透析膜流出,降低袋內鹽類濃度,使蛋白質溶液在低離子強度下長出單晶。
(11)pH引導長晶法(crystallization induced by pH):蛋白質的溶解度在等電點的pH值最低,是個良好的養晶條件。有些蛋白質在不同的數個pH值,具有數個溶解度的極小,這些溶解度極小處可望長晶。利用透析法改變透析膜外的pH值是個好辦法。也可在蒸汽擴散法中,在外圍滴入揮發性酸或堿(如氨水或干冰等)來調節pH值。
(12)溫度長晶法(temperature crystallization):蛋白質溶解度為溫度的函數,有些溶解度非常溫度敏感。通常溫度降低,分子排列較有秩序,引起能趨疲(熵)(entropy)的降低。由液體轉變到固體,其熵會降低,反之亦然。井然有序排列的分子易于長晶。通常一種長晶條件泡兩份,一份置于室溫,另一份放在4℃的冰箱。
(13)蒸發(evaporation):這是最原始的方法,為小分子的長晶常用法,也是某些蛋白質常用的養晶法。在蛋白質不變性的條件下,慢慢讓母液蒸發,使蛋白質溶液達到過飽和,結出單晶。
(14)填加有效分子法(effector addition):與有效分子(effector)結合的蛋白質,其溶解度往往與無有效分子結合者差異大,可達到某些構象(conformation)平衡狀態的存在,養出此種構象單晶,通常的有效分子有配位體(ligand)和基質(substrate)等。
(15)對蒸餾水透析法(dialysis against water):離子強度弱則蛋白質溶解度低,以半透膜裝母液,外浸蒸餾水,鹽類往膜外透出,待膜內蛋白質溶解度降低,可望長出單晶。此法相當有效,值得首次嘗試。前提是蛋白質不得變性(denature),有時添加少許 [0.02%(w/v)] 的 Sodium azide,或數滴甲苯(toluene)或氯仿(chloroform)有助防止細菌的滋長