色譜柱在使用過程中避免強烈的碰撞和震動。各個廠家生產的色譜柱在接口尺寸上會有差異，如果柱頭類型和不銹鋼毛細管接頭兩者類型不匹配，將會產生漏液或者死體積過大的現象。接頭比柱頭深度長，不易擰緊而漏液；接頭比柱頭深度短，柱頭內留有空隙而產生死體積，使譜帶展寬和峰拖尾。

色譜柱平衡指的是用完整的分析程序，運行幾遍測試，等觀察到峰形、保留時間和峰面積穩定為止，平衡即完成。另外，在使用緩沖鹽時，應該先使用同等比例的水過渡，再將緩沖鹽引入色譜柱，以防止鹽析發生，從而損壞色譜柱。同理，使用緩沖鹽之后，一定要用較大比例的水相沖洗60min以上，將色譜柱中的緩沖鹽徹底沖洗干凈，防止鹽析。如果不使用緩沖鹽流動相，也需要沖洗，用大比例的有機相徹底沖洗柱內的有機物，防止其沉積影響柱效或影響下一次實驗譜圖。

最好遵守色譜柱說明書中的保持方式。在實際應用中為了方便也可以如下使用：短期保持用所用的流動相保存為佳，這樣做可以減少下次使用的平衡時間。一般情況下，建議長期用80%甲醇或乙腈來保存反相柱。純有機相保持有最大限度減少鍵合相水解的作用，但純甲醇（乙腈）又會將已水解而暫時吸附在柱內的鍵合相洗脫出去，使固定相流失進程加快，縮短壽命；另外，純有機相保存時，溶劑易揮發，導致柱床變干，也會容易損壞色譜柱。正相柱一般應保持在所用流動相中。