二者范圍不同：

GB4789.3-2016《食品安全國家標準 食品微生物學檢驗 大腸菌群計數》范圍中規定：“本標準第一法適用于大腸菌群含量較低的食品中大腸菌群的計數；第二法適用于大腸菌群含量較高的食品中大腸菌群的計數。”這里所說的含量高低通常以100CFU為準，即含量低于100CFU采用MPN法，含量高于100CFU采用CFU法。

概念不同：

•MPN（most probable number）法：即最近似數法，也稱為最可能數法，是食品檢驗中常用的方法。1915年，McCrady首次發表了用MPN法(最大可能數法) 來估算細菌濃度的方法， 這是一種應用概率理論來估算細菌濃度的方法。

•平板計數法 (colony forming units）：CFU即菌落形成單位，樣品經過處理培養后我們數出平板上所生長出的菌落個數，從而計算出每毫升或每克待檢樣品中可以培養出多少個菌落，以CFU/mL或CFU/g報告之。

•濾膜法（membrane filter method）：將一定量水樣注入已滅菌的微孔薄膜的濾器中，經過抽濾，細菌被截留在濾膜上，將濾膜貼于培養基上，經培養后計數和鑒定濾膜上生長的菌落，依據過濾水樣計算每升或每100毫升水樣中的菌落總數。

•菌落：是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。

原理不同：
•MPN法：利用待測微生物的特殊生理功能的選擇性來擺脫其他微生物類群的干擾，并通過該生理功能的表現來判斷該類群微生物的存在和豐度。因為細菌在樣本內的分布是隨機的，所以檢測細菌時，可應用概率理論計算菌數，實驗結果以MPN值表示，但MPN值并不能表示實際菌落數， 實際菌落數有可能落在置信區間內的任何一點，MPN值是落在這個置信區間內概率最大的一點。
舉例說：稀釋度為 0.01，0.001，0.0001所對應的陽性管數分別為 2-0-0 ；
查MPN檢索表可知：
MPN值為92 CFU/mL(g), 當置信度為95%，則其下限和上限分別為14，380，即對應的菌落濃度區間為14~380 CFU/mL(g)，意思是：這個檢驗結果顯示細菌濃度落在14-380 CFU/mL(g)區間均有可能，只不過92 CFU/mL(g)出現的概率最大，概率為31.9%. 

平板計數法：平板菌落計數法是根據微生物在固體培養基上所形成的一個菌落是由一個單細胞繁殖而成的現象進行的,也就是說一個菌落即代表一個單細胞。計數時,先將待測樣品作一系列稀釋,樣品經適當稀釋后，其中的微生物充分分散為單個細胞，取一定量的稀釋液接種到平板上，經過培養，由每個單細胞生長繁殖而形成的肉眼可見的菌落，即一個單菌落應代表原樣品中的一個單細胞。統計菌落數，根據其稀釋倍數和取樣接種量即可換算出樣品中的含菌數。

濾膜法：在壓力差的作用下，懸浮液中的液體（或氣體）透過可滲性介質（過濾介質），直徑大于網孔直徑的菌體為介質所截留，從而實現樣品和菌體的分離。然后將濾膜放在適當的培養基上進行培養，菌體可直接在膜上生長，從而可直接計數。

MPN優缺點

優點：操作簡便、靈敏度較高，時間短，可直接觀察試管得出結論，每個接種稀釋度均有重復，重復次數越多，誤差就會越小。

缺點：要求樣品具有均一性，適合檢驗液體樣品，且只能用于檢驗在發酵培養基中產氣的菌種。

注意事項：需選擇合適的稀釋度和接種量。

平板計數法優缺點

優點：

1、能測出樣品中的活菌數，直觀，能夠直接讀數

2、平板菌落計數法通常做梯度稀釋，所以計數的線性范圍大。

3、由于是菌懸液傾注或涂布，所以比較均勻，能較好的反應菌落的疏密程度。

4、靈敏，平行性較好。

缺點：

1、手續較繁，而且測定值常受各種因素的影響。

2、厭氧或微需氧菌、有特殊營養要求的以及非嗜中溫的細菌，比較難檢測出。

3、菌落總數并不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數，需氧菌數等。

4、長成的一個單菌落也可能來自樣品中的2～3或更多個細胞。因此平板菌落計數的結果往往偏低。

5、檢驗時間長。

注意事項：

樣品需要充分均勻以及選擇合適稀釋度和接種量，檢驗過程必須嚴格無菌，以防污染雜菌。

濾膜法優缺點  

優點：
1、可以檢測大量的樣品。
2、濃縮效應使微生物檢測的準確度提高。
3、帶有菌落的濾膜，可作為檢測的永久記錄存檔。
4、可見的菌落和樣品量直接對應，得出定量結果。

缺點：
1、成本高。
2、操作要求高。

注意事項：

對樣品的流動性要求比較高，并且含菌量不能太高。

分類以及操作方法

MPN法：根據需要以及檢驗的精度不一樣可使用9管法以及15管法；其中9管法通常用作食品檢驗，而15管法用在飲用水的檢驗（15管法的精度要高些）；基本操作：樣品梯度稀釋——接種——培養——觀察結果——查表報告。

平板計數法：有平板傾注法，一般檢驗使用的方法；平板涂布法，用于細菌含量比較高，并且要求知道細菌菌落形態（只計數特定細菌）；以及濾膜法，檢測特定種類菌常用方法，應用越來越廣泛；基本操作一般包括：樣品的稀釋－－傾注平皿－－培養48小時－－計數報告。（濾膜法是：樣品——過濾——貼濾膜——培養——計數報告。）

適用性

MPN法：適用于具有特殊生理功能的微生物類群或者檢測帶有大量競爭菌的食品及其原料和未經處理的含少量金黃色葡萄球菌的食品（土壤、污水、牛奶等）。

平板計數法：應用廣泛，是檢驗、菌種分離、純化等用得最多的方法（固體、液體樣品均可）。

濾膜法：主要應用于潔凈度較高的樣品，并且樣品的流動性決定了可操作性。

衛生學意義

兩者都是檢測的活菌數，MPN是通過極大近似值然后估計，求出分布函數中的參數、置信區間，再估計；但是CFU通過數據直接求數學期望，平均值和方差。

測定結果判定食品被細菌污染的程度及衛生質量，一定程度反映食品在生產過程中是否符合衛生要求，以便對被檢樣品做出適當的衛生學評價。多少在一定程度上標志著食品衛生質量的優劣。