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微生物實驗室工作人員，必須有嚴格的無菌觀念，許多實驗要求在無菌的條件下進行，主要原因，一是防止試驗操作中人為污染樣品，二是保證工作人員安全，防止檢出的致病菌由于操作不當造成個人污染。要求如下：
1.1 接種細菌時必須穿工作服、帶工作帽；
1.2 進行接種食品樣品時，必須穿專用的工作服、帽及拖鞋，應放在無菌室緩沖間，工作前經紫外線消毒后使用；
1.3 接種食品樣品時，應在進無菌室前用肥皂洗手，然后用酒精棉球將手擦干凈；
1.4 進行接種所用的吸管、平皿及培養基等必須經消毒滅菌，打開包裝未使用完的器皿，不能放置后再使用，金屬用具應高壓滅菌或用酒精點燃燒灼三次后使用；
1.5 從包裝中取出吸管時，吸管尖部不能觸及試管或平皿邊；
1.6 接種樣品、轉種細菌必須在酒精燈前操作，接種細菌活樣品時，吸管從包裝中取出后及打開試管塞都要通過火焰消毒；
1.7 接種環和針在接種細菌前應經火焰燒灼全部金屬絲，必要時還要燒到針和環與桿的連接處，接種結核菌和烈性菌的接種環應在沸水中煮沸5min，再經火焰燒灼；
1.8 吸管吸取菌液或樣品時，應用相應的橡皮頭吸取，不得直接用口吸。
二、無菌間使用要求
2.1 無菌間應密封，不得隨意打開，并設有與無菌間大小相應的緩沖間及門，另盡量設有的小窗，以備進入無菌間后傳遞物品。
2.2 無菌間應保持清潔，工作后用煤酚皂液溶液消毒，擦拭工作臺面，不得存放與試驗無關的物品；
2.3 無菌間使用前后應將門關緊，打開紫外燈，如采用室內懸掉紫外燈消毒時，需30W紫外燈，距離工作臺1m處，照射時間不少于30分鐘，使用紫外燈，應注意不得直接在紫外線下操作，以免引起損傷，燈管每隔兩周需用酒精球輕輕擦拭，除去上面的灰塵和油垢，以減少紫外線穿透的影響；
2.4 處理和接種食品標本時，進入無菌間操作，不得隨意出入，如需要傳遞物品，可通過小窗傳遞；
2.5 在無菌間需用安裝空調時，則應有過濾裝置。
三、消毒滅菌要求
微生物檢測用的玻璃器皿、金屬用具及培養基、被污染和接種的培養物等，必須經滅菌后方能使用。
3.1 滅菌前準備
3.1.1 所有需經滅菌的物品首先要清洗晾干，玻璃器皿如吸管、平皿用紙包裝嚴密，如用金屬筒應將上面氣孔打開。
3.1.2 裝培養基的三角瓶塞好棉塞，用紙包好，試管蓋好蓋，注射器須將管芯抽出，用紗布包好。
3.2 裝放
3.2.1 大型高壓蒸氣鍋：放置滅菌物品不應超過鍋內容積的80%，物品應放置鍋內擱架上或鐵絲筐中。
3.2.2 手提式高壓鍋：將物品分別包扎好，直接放入消毒筒內，物品之間不能過擠。
3.3 設備檢查
3.3.1 檢查門的開關是否靈活，橡皮圈有無損壞，是否平整。
3.3.2 壓力表蒸氣排盡時是否停留在零位，關好門和蓋，通蒸氣或加熱后，觀察是否漏氣，壓力表與溫度計所標示的狀況是否吻合，管道有無堵塞。
3.3.3 對有自動電子程序控制裝置的滅菌器，使用前應檢查規定的程序，是否符合于進行滅菌處理的要求。
3.4 滅菌處理
手提式高壓鍋或立式壓力蒸氣滅菌器的使用應按下列步驟進行：
3.4.1 手提式高壓鍋在主體內加入3L清水，立式高壓鍋加水16L（重復使用時應將水量補足，水變混濁需要更換）。
3.4.2 手提式壓力鍋將頂蓋上的排氣管插入消毒桶內壁的方管中（無軟管或軟管銹蝕破裂的滅菌器不得使用）。
3.4.3 蓋好頂蓋擰緊，勿使漏氣；置滅菌器于火源上加熱，立式壓力鍋通上電源，并打開頂蓋上的排氣閥放出冷氣（水沸騰后排氣10～15min）。
3.4.4 關閉排氣閥，使蒸氣壓上升到規定要求，并維持規定時間（按滅菌物品性質與有關情況而定）。
3.4.5 達到規定時間后，對需干燥的物品，立即打開排氣閥排出蒸汽，待壓力恢復到零時，自然冷卻至60℃后開蓋取物，如為液體物品，不要打開排氣閥，而應立即將鍋去除熱源，待自然冷卻，壓力恢復至零，溫度降到60℃以下再打開蓋取物，以防止突然減壓液體劇烈沸騰活容器爆破。
3.5 滅菌溫度與時間
3.5.1壓力蒸氣滅菌鍋滅菌溫度與時間見下表：
3.5.3 取出的物品掉落在地或誤放不潔之處，或沾有水液，均視為受到污染，不可作為無菌物品使用。3.5.2 滅菌處理：滅菌后物品，劑等，應檢查是否符合達到滅菌后的色澤或狀態，未達到者應廢棄。
3.5.4 取出的合格滅菌物品，應存放于貯藏室或防塵柜內，嚴禁與未滅菌物品混放。
3.5.5 凡屬合格物品，應標有滅菌日期及有效期限。
3.5.6 每批滅菌處理完成后，記錄滅菌品名、數量、溫度、時間、操作者。
四、有毒有菌污物處理要求
微生物實驗室所用實驗器材、培養物等未經消毒處理，一律不得帶出實驗室。
4.1 經培養的污染材料及廢棄物應放在嚴密的容器或鐵絲筐內，并集中存放在指定地點，待統一進行高壓滅菌。
4.2 經微生物污染的培養物，必須經121℃，30min高壓滅菌。
4.3 染菌后的吸管，使用后放入5%煤酚皂溶液或石炭酸溶液中，最少浸泡24小時，再經121℃，30min高壓滅菌。
4.4 涂片染色沖洗片的液體，一般可直接沖入下水道，染色的玻片放入5%煤酚皂液中浸泡24h后，煮沸洗滌。做凝集試驗用的玻片或平皿，必須經高壓滅菌后洗滌。
4.5 打碎的培養物，立即用5%煤酚皂液或石炭酸噴灑和浸泡被污染部位，浸泡半小時后再擦拭干凈。
4.6 污染的工作服或進行烈性菌試驗所穿的工作服、帽、口罩等，應放入專用消毒袋內，經高壓滅菌后方能洗滌。
五、玻璃器皿的清洗要求
5.1 目的
為了保證微生物實驗順利進行，保證實驗結果的準確性，不影響實驗進度，必須把器皿徹底清洗干凈。
5.2 注意事項
5.2.1 任何洗滌方法，都不應對玻璃器皿有所損傷，不能用有腐蝕作用的化學藥劑，也不能使用比玻璃器皿硬度大的物品來擦拭玻璃器皿。
5.2.2 一般新的玻璃器皿用2%的鹽酸液浸泡數小時，后用水沖洗干凈。
5.2.3 用過的器皿應立即洗滌，放置太久會增加洗滌困難。
5.2.4 強酸、強堿及其它氧化物和有揮發性的有毒物品，都不能倒在洗滌槽內，以免污染環境水質，必須倒在廢水缸中。
5.2.5 含有對人體有傳染性病菌的器具，應先煮沸滅菌后再進行洗滌。
5.2.6 難洗滌的器皿不要與易洗滌的器皿放在一起，以免增加洗滌的麻煩。有油的器皿不要與無油的器皿混在一起，否則使本來無油的器皿沾上了油垢，浪費藥劑和時間。
5.3 洗滌劑的種類：
水、洗衣粉、檸檬洗滌劑、肥皂
5.4 洗滌方法
5.4.1 含有瓊脂培養基的玻璃器皿的洗滌方法：事先應將器皿中的瓊脂刮去，然后用清水洗滌，并用試管刷刷其瓶壁，以除去粘污在壁上的灰塵和油垢。用洗衣粉水洗去油污，然后用自來水沖洗。洗好后的器皿應倒置晾干或置于干燥箱中干燥至無水滴。
5.4.2 載玻片及蓋玻片的洗滌法：新載玻片及蓋玻片先在20%的鹽酸溶液中浸一小時，然后用自來水沖洗2~3次，最后用蒸餾水換洗2~3次。用過的載玻片及蓋玻片，應用紙擦去油垢，再放在5%的洗衣粉水中煮30分鐘后立即用自來水沖洗，然后放在稀的洗液中浸泡2小時，再用自來水沖洗至中性。
5.4.3 移液管、倒管的洗滌方法：新的移液管及倒管先在的５％鹽酸溶液中浸一小時，然后用自來水沖洗幾次，最后用蒸餾水換洗幾次。用過的移液管、倒管先用自來水洗去表面的殘液，再放在洗衣粉水中浸泡一小時以上，再用自來水沖洗至管內壁無殘渣，最后用蒸餾水換洗次，晾干后入恒溫干燥箱中烘干。
六、培養基、無菌水的制備
6.1 基本原理
培養基的種類很多，不同微生物所需要的培養基不同。培養基制成后的物理狀態可分為液體、固體、半固體三種類型。
6.2 器材
三角瓶、試管、燒杯、玻棒、天平、搪瓷杯、量筒、鋁箔紙、角匙、杜氏小管、硅膠塞、電爐
6.3 培養基的種類
營養瓊脂培養基、乳糖膽鹽發酵培養基、乳糖發酵培養基、伊紅美蘭瓊脂培養基、馬鈴薯-葡萄糖瓊脂培養基(附加抗菌素)、平板計數瓊脂、月桂基硫酸鹽胰蛋白凍肉湯、煌綠乳糖膽鹽肉湯、EC肉湯、高鹽察氏瓊脂、三糖鐵瓊脂等
6.4 方法步驟
6.4.1 培養基的制備：
6.4.2 稱量：根據培養基的配方，稱取適量藥品于搪瓷杯中；
6.4.3 溶解：用量筒量取所需水量，置電爐上加熱，一邊攪拌，至完全溶解，加熱至沸騰，拔掉電源，待冷卻；
6.4.4 分裝：根據不同需要，立即趁熱分裝入三角瓶或試管中，分裝三角瓶以不超過三角瓶一半為宜，分裝試管一般為管長的1/5（需根據試管的大小而定）。液體培養基如乳糖膽鹽發酵培養基約分裝10毫升左右。
6.4.5 塞硅膠塞：裝好培養基的試管應塞上硅膠塞，松緊合適，緊貼管壁，不留縫隙，約1/2塞入內，這樣即可過濾空氣，避免雜菌侵入，又可減緩培養基水分的蒸發。
6.4.6 包裝：三角瓶棉塞頭部應用錫箔紙包扎，試管集中于試管簍。
6.5 無菌水的制備：
6.5.1 用10ml移液管量取9.2ml蒸餾水（稀釋水）裝入試管中。
6.5.2 用100ml量筒量取95ml蒸餾水（稀釋水）裝入150ml的三角瓶中。可置少許玻璃珠于三角瓶內，防止暴沸。
6.5.3 量取240ml蒸餾水（稀釋水）于250ml的三角瓶中，塞上瓶塞用牛皮紙包扎好，高壓滅菌備用。
七、設備使用原則
7.1 實驗設備的使用由實驗員嚴格按照操作說明書進行，其他人員不得隨意操作。
7.2 實驗設備的日常維護保養由實驗員根據設備操作說明書進行，出現不可排除的故障時，經部門總經理批準，商請專業人員維修。
7.3 實驗設備應定期進行計量檢測，確保儀器的準確性。
7.4 實驗員應愛護儀器設備，使用前應檢查，使用后應及時清理清潔，并定期維護保養，下班前應檢查設備電源是否關閉。
