依據目前實際應用情況可將指示菌分為兩種類型：

第一種類型的指示菌是為了評價被檢樣品的一般衛生質量、污染程度以及安全性，最常用的是菌落總數、霉菌和酵母菌數。

第二種類型是特指糞便污染的指示菌，主要指大腸桿菌和大腸菌群，其它還有腸球菌、亞硫酸鹽還原梭菌等。它們的檢出標志著檢品受過人、畜糞便的污染，而且有腸道病原微生物存在的可能性。

菌落總數是指示性微生物指標，不是致病菌指標，反映食品在生產過程中的衛生狀況。如果食品的菌落總數嚴重超標，將會破壞食品的營養成分，使食品失去食用價值；還會加速食品腐敗變質，可能危害人體健康。菌落總數超標的原因，可能是企業未按要求嚴格控制生產加工過程的衛生條件，也可能與產品包裝密封不嚴或儲運條件不當等有關。 食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，菌落總數超標也意味著致病菌超標的機會增大，增加危害人體健康的幾率。消費者食用微生物超標嚴重的食品，很容易患痢疾等腸道疾病，危害人體健康安全。

大腸菌群是國內外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中大腸菌群不合格，說明食品存在衛生質量缺陷，提示該食品中存在被腸道致病菌污染的可能，對人體健康具有潛在危害，尤其對老人、小孩的危害更大。大腸菌群超標的原因，可能是包裝材料受污染，或在生產過程中產品受到人員、工具器具等生產設備、環境污染。

菌落總數和大腸菌群超標的食品，說明其衛生狀況未達到基本衛生要求，存在致病微生物污染的潛在風險。食品原料、生產加工環境或加工環節的不規范操作是導致微生物指標超標的主要原因。

如何理性看待食品中的“指示菌超標”呢？一是消費者要了解大腸菌群指標的實質性意義，它不會對健康造成直接的危害。二是要懂得經過適當的加熱或者是再加工，做到位了，即使菌落總數超標，也不會帶來大的風險。