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各種環境樣品檢驗方法和衛生標準的制定，是衛生微生物學重要的研究內容之一。通過這些方法和標準，可以檢測并判斷水、空氣、土壤、食品、日常用品，以及各類公共場所的衛生狀況。了解這些環境條件和物品衛生狀況的目的，一方面是為預防致病性微生物通過這些媒介感染人群，引起疾病的暴發流行；另一方面為了避免不符合質量或衛生標準的食品、藥品、化妝品等流入市場，給廣大消費者造成損失或帶來危害。但從樣品中直接檢測目的病原微生物有一定難度，原因是在環境中病原微生物數量少。種類多、生物學性狀多種多樣，檢驗和鑒定方法比較復雜。有鑒于此，需要尋找某些帶有指示性的微生物，這些微生物應該在環境中存在數量較多，易于檢出，檢測方法較簡單，而且具有一定的代表性。
依據這些指示性微生物檢出的情況，可以判斷樣品被污染的程度，并間接指示致病微生物有無存在的可能，以及對人群是否構成潛在的威脅。指示菌的檢測為安全提供了重要保障，這已由多年來的實踐所證實。
當然，一個項目的衛生標準關系到物理學、化學、毒理學、微生物學等多項綜合性指標，衛生微生物學標準只是其中一部分，但它卻與人群的健康和生活質量的提高密切相關，因此是十分重要的。
