1、按照培養基的成分來分：培養基按其所含成分，可分為合成培養基、天然培養基和半合成培養基三類。

（1）合成培養基。合成培養基的各種成分完全是已知的各種化學物質。這種培養基的化學成分清楚，組成成分精確，重復性強，但價格較貴，而且微生物在這類培養基中生長較慢。如高氏一號合成培養基、察氏（Czapek）培養基等。

（2）天然培養基。由天然物質制成，如蒸熟的馬鈴薯和普通牛肉湯，前者用于培養霉菌，后者用于培養細菌。這類培養基的化學成分很不恒定，也難以確定，但配制方便，營養豐富，培養效果好，所以常被采用。

（3）半合成培養基。在天然有機物的基礎上適當加入已知成分的無機鹽類，或在合成培養基的基礎上添加某些天然成分，如培養霉菌用的馬鈴薯葡萄糖瓊脂培養基。這類培養基能更有效地滿足微生物對營養物質的需要。

2、按照培養基的物理狀態分：培養基按其物理狀態可分為固體培養基、液體培養基和半固體培養基三類。

（1）固體培養基。是在培養基中加入凝固劑，有瓊脂、明膠、硅膠等。固體培養基常用于微生物分離、鑒定、計數和菌種保存等方面。用于微生物分離，鑒定，計數。如圖，微生物分離成菌落、菌苔。

（2）半固體培養基。是在液體培養基中加入少量凝固劑而呈半固體狀態。可用于觀察細菌的運動、鑒定菌種和測定噬菌體的效價等方面。用于觀察微生物運動特征。如圖，左側試管中微生物不運動，而右側試管中微生物運動，因而兩試管中現象不同。

（3）液體培養基。液體培養基中不加任何凝固劑。這種培養基的成分均勻，微生物能充分接觸和利用培養基中的養料，適于作生理等研究，由于發酵率高，操作方便，也常用于發酵工業。用于觀察微生物生長狀態。如圖，此例中左側為表面生長，右側為沉淀生長，中間兩個為均勻混濁生長。

3、按照微生物的種類分:培養基按微生物的種類可分為細菌培養基、放線菌培養基、酵母菌培養基和霉菌培養基等四類。

（1）常用的細菌培養基有營養肉湯和營養瓊脂培養基。

（2）常用的放線菌培養基為高氏1號培養基。

（3）常用的酵母菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基和麥芽汁培養基。

（4）常用的霉菌培養基有馬鈴薯蔗糖培養基、豆芽汁蔗糖（或葡萄糖，葡萄糖比較昂貴）瓊脂培養基和察氏培養基等。

4、按照培養基用途分:培養基按其特殊用途可分為加富培養基、選擇性培養基和鑒別培養基。

（1）基礎培養基。是含有一般微生物生長繁殖所需基本營養物質的培養基。牛肉膏蛋白胨培養基是最常用的基礎培養基。

（2）加富培養基。是在基礎培養基中加入血、血清、動植物組織提取液制成的培養基。用于培養要求比較苛刻的某些微生物。

（3）選擇培養基。是在普通培養基中加入特殊營養物質或化學物質，以抑制不需要的微生物的生長，有利于所需微生物的生長。用于將某種或某類微生物從混雜的微生物群體中分離出來。