調查研究表明，大腸菌群細菌多存在于溫血動物糞便、人類經常活動的場所以及有糞便污染的地方，人、畜糞便對外界環境的污染是大腸菌群在自然界存在的主要原因。糞便中多以典型大腸桿菌為主，而外界環境中則以大腸菌群其他型別較多。 

2、大腸菌群是作為糞便污染指標菌提出來的，主要是以該菌群的檢出情況來表示食品中有否糞便污染。

大腸菌群數的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小。糞便是人類腸道排泄物，其中有健康人糞便，也有腸道患者或帶菌者的糞便，所以糞便內除一般正常細菌外，同時也會有一些腸道致病菌存在(如沙門氏菌、志賀氏菌等)，因而食品中有糞便污染，則可以推測該食品中存在著腸道致病菌污染的可能性，潛伏著食物中毒和流行病的威脅，必須看作對人體健康具有潛在的危險性。 

3、如果食品的菌落總數嚴重超標，說明其產品的衛生狀況達不到基本的衛生要求，將會破壞食品的營養成分，加速食品的腐敗變質，使食品失去食用價值。

有專家分析，造成食品中的大腸菌群超標的主要原因是二次污染，大腸菌群數的高低，表明了糞便污染的程度，也反映了對人體健康危害性的大小，所以導致大腸菌群超標的主要原因是二次污染。如加工器具沒有定期清洗消毒，操作人員在上完衛生間后洗手不徹底，個人衛生狀況未達標，直接影響最終產品的衛生狀況。

4、大腸菌群超標一般引起的疾病如下：

a、腸道外感染。多為內源性感染，以泌尿系感染為主，如尿道炎、膀胱炎、腎盂腎炎。也可引起腹膜炎、膽囊炎、闌尾炎等。嬰兒、年老體弱、慢性消耗性疾病、大面積燒傷患者，大腸桿菌可侵入血流，引起敗血癥。早產兒，尤其是生后30天內的新生兒，易患大腸桿菌性腦膜炎； 

b、急性腹瀉。某些血清型大腸桿菌能引起人類腹瀉。其中腸產毒性大腸桿菌會引起嬰幼兒和旅游者腹瀉，出現輕度水瀉，也可呈嚴重的霍亂樣癥狀。腹瀉常為自限性，一般2～3天即愈，營養不良者可達數周，也可反復發作。腸致病性大腸桿菌是嬰兒腹瀉的主要病原菌，有高度傳染性，嚴重者可致死。細菌侵入腸道后，主要在十二指腸、空腸和回腸上段大量繁殖。此外，腸出血性大腸桿菌會引起散發性或暴發性出血性結腸炎，可產生志賀氏毒素樣細胞毒素。